De vraag: zijn er goede voorbeelden van reproduceerbaar onderzoek met R die gratis online beschikbaar zijn?
Ideaal voorbeeld: Specifiek zouden ideale voorbeelden het volgende opleveren:
- De onbewerkte gegevens (en idealiter metagegevens die de gegevens verklaren),
- Alle R-code inclusief gegevensimport, verwerking, analyses , en outputgeneratie,
- Sweave of een andere benadering om de uiteindelijke output aan het uiteindelijke document te koppelen,
- Allemaal in een formaat dat gemakkelijk te downloaden en compileerbaar is op de computer van een lezer.
Idealiter zou het voorbeeld een tijdschriftartikel of een proefschrift zijn waarbij de nadruk ligt op een daadwerkelijk toegepast onderwerp in tegenstelling tot een statistisch lesvoorbeeld.
Redenen voor interesse: ik ben vooral geïnteresseerd in toegepaste onderwerpen in tijdschriftartikelen en scripties, omdat in deze situaties verschillende aanvullende problemen optreden:
- Er ontstaan problemen met betrekking tot het opschonen en verwerken van gegevens,
- Er ontstaan gerelateerde problemen voor het beheren van metadata,
- Tijdschriften en scripties hebben vaak stijlgidsen met betrekking tot het uiterlijk en de opmaak van tabellen en figuren,
- Veel tijdschriften en scripties hebben vaak een breed scala aan analyses die problemen oproepen met betrekking tot workflow (bijv. sequentieanalyse) en verwerkingstijd (bijv. problemen met cachinganalyses, enz.).
Het zien van volledige werkvoorbeelden zou goed instructiemateriaal kunnen zijn voor onderzoekers die beginnen met reproduceerbaar onderzoek.